一、如果纳税人销售的项目部分免征增值税
按照增值税条例规定，为生产免税货物而耗用的原材料的进项税额不得抵扣，也就是要将这部分进项税转出计入成本。但是在购进项目部分用于应税项目部分用于免税项目的情况下，对于免税项目应转出的进项税额，普遍认为比较科学的方法是采用销售额比例法，即用免税项目的销售额占总销售额的比例来计算分摊应转出的进项税额。会计分录如下：
借：主营业务成本
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
按照增值税专用发票管理规定，销售免税项目除国家另有规定外，不得开具专用发票。有人认为，免税项目在会计处理时，不产生应交税费的贷项。但从计税原理上说，增值税是对商品生产和流通各个环节的新增价值或附加值进行征税。免税项目在流转过程中仍然会有新增价值，即仍然负有纳税义务，而免税则是国家出于特定目的将本该征缴的税额不予征缴，作为国家对纳税人的一种“补贴”；而且，增值税实行税负转嫁，纳税人和负税人可能不是同一主体，所以，这里的免税只能是针对纳税人而言，而负税人则不一定享有这种优惠，即纳税人销售免税项目，尽管不能开具增值税专用发票，但其开具给买方的普通发票金额应该是销售额和销项税额的合计数，并且按合计数收取款项。如果不向购买方收取销项税额，纳税人的“补贴收入”又从何而来呢？所以，会计分录如下：
借：银行存款或应收账款
贷：主营业务收入（不含税收入）
应交税费——应交增值税（销项税额）
同时，再将销项税额中的金额作为应免征的税额进行结转，会计分录为：
借：应交税费——应交增值税（减免税款）
贷：主营业务收入
这样处理的理由是：在《企业会计准则第16号——政府补助》应用指南的第二条第三款中明确规定：“除税收返还外，税收优惠还包括直接减征、免征、增加计税抵扣额、抵免部分税额等形式。这类税收优惠并未直接向企业无偿提供资产， 不作为本准则规范的政府补助。”据此，我们可以肯定直接免征增值税的优惠不能按照政府补助进行会计处理。在排除了“政府补助”的会计处理方式后，仍然没有相关的指导性文件来明确此类税收优惠的会计处理。因此仍存在会计处理困境。再根据《企业会计准则第14号——收入》对收入的定义：“收入，是指企业在日常活动中形成的、会导致所有者权益增加的、与所有者投入资本无关的经济利益的总流入”，企业享受增值税直接免征形成的经济利益流入应该是完全符合收入的定义，因此应该将其纳入收入的范畴。根据财政部会计司司长刘玉廷同志的《关于企业会计准则体系几个具体问题的说明》中对收入和费用的定性：“收入或费用突出日常活动，只有企业日常活动形成的经济利益的流入或流出才构成营业收入或成本，非日常活动形成的经济利益流入或流出属于利得或损失，计入营业外收入或支出。”根据这一段对收入的明确定性分类，我们不难看出，企业免征增值税形成的收入是与企业日常活动密不可分的。所以企业免征增值税形成的收入应该列入企业的“营业收入”，并且是“主营业务收入”。
二、如果纳税人销售的项目全部免征增值税
如果纳税人销售的项目全部属于增值税的免税项目，有两种情况：
1.如果纳税人开始购进货物或者劳务时不准备或者不明确要用于免税项目，而且生产过程中其用途发生了改变，最终全部用于免税项目，即纳税人对外销售的全部是增值税免税项目，其会计处理可比照第（一）种情况进行。
2.如果纳税人购进货物或劳务时已经明确要用于免税项目的生产或者销售，其购进项目的进项税额应计入采购成本，因而也不存在进项税额转出以及减免税款等问题。
